Cílem České farmakoekonomické společnosti je rozvoj, rozšiřování a podpora farmakoekonomiky, HTA a outcome research v České republice, zvyšování úrovně odborných znalostí a mezinárodní spolupráce na poli zdravotnické ekonomiky a outcome research. Česká farmakoekonomická společnost je členem ISPOR (International Society for Pharmacoeconomics and Outcomes Research) a udržuje pravidelnou spolupráci s obdobně zaměřenými organizacemi zejména sousedních zemí.